呼吸外科
顺天堂医院呼吸外科，以高超的肺癌手术技术被世界熟知。积极引入微创手术以尽量保存患者肺组织，减少肺功能损伤，该院早期肺癌术后5年生存率高达95%，术中出血量及围手术期并发症发生率为其他医疗发达国家的1/5，受到世界胸外科的瞩目和认可。
消化外科
2015年独立建科的消化器低侵袭外科，秉承“更温柔地治愈患者”的外科精神、为患者提供低侵袭治疗。近年来，“重视根治疾病的同时，让患者早期回归社会生活”的低侵袭治疗在胃癌，食道胃接合部癌等的上部消化管的恶性疾病，以及胃粘膜下肿瘤、十二指肠肿瘤、食道裂孔疝、返流性食道炎等上消化道良性疾病的诊疗逐渐得到世界公认。
儿童外科
顺天堂医院的儿童外科在日本率先开拓儿童内视镜手术，已经接收在其他医院难以诊疗的疑难重症儿童患者超过10000例，在日本儿童外科领域独占鳌头。
主要科室
外科：消化器低侵袭外科、食道·胃外科、大肠·肛门外科、肝胆胰腺外科，乳腺外科、心脏血管外科、呼吸外科、小儿外科·小儿泌尿生殖器外科、脑神经外科，矫正外科·体育诊疗科、整形外科、皮肤科、泌尿器科、女性低侵袭外科、眼科、牙科·口腔外科、产科·妇科。
内科：综合诊疗科、循环系统内科、消化系统内科、呼吸内科、肾脏·高血压内科、风湿病·结缔组织病内科、血液内科、糖尿病·内分泌内科、脑神经内科、精神诊疗所、小儿科·青春期科、耳鼻喉科·头颈科、
其他科室：放射线科、麻醉科·疼痛诊疗所、临床检查医学科、病理诊断科、康复科 乳腺中心、心脏中心、 癌症治疗中心、癫痫中心、脊椎脊髓中心、脚部疾病中心等。
